В 1987 году начал выпускаться модернизированный вариант микроавтобуса, получивший обозначение РАФ-22038. Этот микроавтобус использовал агрегаты от автомобиля ГАЗ-24-10. Внешне РАФ-22038 отличался облицовкой передней части с новой фальш-радиаторной решёткой и алюминиевыми бамперами с пластиковыми боковыми секциями. На прототипе 22038, демонстрировавшемся на выставке «Автопрому СССР 60 лет» в задней части боковин размещались узкие поворотные форточки, но на серийной модели был фактически сохранён кузов типа 2203. С 1993 года выпускался РАФ-22039. Эта модификация отличалась повышенной пассажировместимостью (тринадцать человек). Это было достигнуто за счёт сокращения до минимума багажного пространства. РАФ-2203 был самым массовым советским микроавтобусом.