747-400D (Domestic) — модель самолета с высокой плотностью посадочных мест, разработанная для коротких и интенсивных внутренних японских рейсов и выполняющая ту же роль, что и предыдущая модель Boeing 747-100SR. Максимальная вместимость этого самолета составляет 568 пассажиров в двухклассной компоновке или 660 пассажиров в одноклассной компоновке.
На 400D отсутствуют удлинители законцовок крыла и винглеты, которые устанавливаются на других вариантах. На ближнемагистральных маршрутах крылья дадут минимальные преимущества, но при этом увеличат массу и стоимость самолета. При необходимости 400D может быть переоборудован в дальнемагистральный вариант. Отличить 747-400D от в целом похожего 747-300 можно по дополнительным окнам на верхней палубе. Они позволяют разместить дополнительные места в задней части верхней палубы, где обычно располагается камбуз при длительных полетах. Всего было построено 19 самолетов этого типа, последний экземпляр был поставлен авиакомпании All Nippon Airways 11 февраля 1996 года. Этот вариант был снят с эксплуатации 31 марта 2014 г., когда ANA вывела из эксплуатации свой последний 747-400D.
В комплект поставки входят 10 вариантов окраски:
ANA "Pikachu Jumbo" (JA8957)
ANA "Flower Jumbo" (JA8956)
ANA Регулярный самолет 1-го поколения (JA8133) [Вымышленный]
Регулярный рейс JAL 2-го поколения (JA8903)
Регулярный рейс JAL 3-го поколения (JA8084)
JAL "Yokoso! Япония" (JA311J) [Вымышленный]
ANA "Marine Jumbo" (JA8963)
ANA Регулярный рейс 3-го поколения (JA402A)
JAL Обычный обветренный 3-го поколения (JA8083)
ANA Обычный обветренный 1-го поколения (JA8133) [Вымышленный]